傳染性造血器官壞死病毒核酸檢測
傳染性造血器官壞死病(Infectious Hematopoietic Necrosis, IHN)是由傳染性造血器官壞死病毒(IHNV)引起的一種嚴(yán)重威脅鮭鱒魚類(尤其是虹" />

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傳染性造血器官壞死病毒核酸檢測

發(fā)布時(shí)間:2025-09-22 10:25:57- 點(diǎn)擊數(shù): - 關(guān)鍵詞:

實(shí)驗(yàn)室擁有眾多大型儀器及各類分析檢測設(shè)備,研究所長期與各大企業(yè)、高校和科研院所保持合作伙伴關(guān)系,始終以科學(xué)研究為首任,以客戶為中心,不斷提高自身綜合檢測能力和水平,致力于成為全國科學(xué)材料研發(fā)領(lǐng)域服務(wù)平臺(tái)。

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傳染性造血器官壞死病毒核酸檢測

傳染性造血器官壞死病(Infectious Hematopoietic Necrosis, IHN)是由傳染性造血器官壞死病毒(IHNV)引起的一種嚴(yán)重威脅鮭鱒魚類(尤其是虹鱒、大鱗大麻哈魚等)的烈性傳染病。該病主要侵害魚類的造血組織和腎、脾等器官,導(dǎo)致幼魚出現(xiàn)游動(dòng)異常、體色發(fā)黑、腹部膨大、肛門拖便、鰓絲貧血蒼白等癥狀,死亡率極高,給鮭鱒魚養(yǎng)殖業(yè)造成巨大的經(jīng)濟(jì)損失。由于其高度傳染性和致死性,IHNV被世界動(dòng)物衛(wèi)生組織(WOAH,原OIE)列為必須申報(bào)的水生動(dòng)物疫病。

核酸檢測作為IHNV診斷的核心技術(shù),因其具有特異性強(qiáng)、靈敏度高、檢測快速等顯著優(yōu)勢,已成為病原確診、疫情監(jiān)測、口岸檢疫和引種風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估不可或缺的關(guān)鍵手段。通過檢測病毒特異的核酸序列(主要是核蛋白基因N、糖蛋白基因G或非編碼區(qū)),可以精準(zhǔn)地識(shí)別IHNV,即使在感染早期或無癥狀攜帶階段也能有效檢出,為及時(shí)采取防控措施提供科學(xué)依據(jù)。

檢測項(xiàng)目

IHNV核酸檢測的主要項(xiàng)目包括:

1. IHNV 病毒鑒定: 確認(rèn)樣本中是否存在IHNV的特異性核酸片段,是診斷IHN疾病的基礎(chǔ)。
2. IHNV 病毒載量測定: 利用定量方法(如實(shí)時(shí)熒光定量RT-PCR)測定樣本中的病毒核酸拷貝數(shù)或濃度,用于評(píng)估感染嚴(yán)重程度、藥物療效或宿主排毒動(dòng)態(tài)。
3. IHNV 毒株分型/基因型分析: 通過擴(kuò)增特定基因(如G基因)并進(jìn)行測序分析,確定IHNV毒株的基因型(如U、M、L型)或遺傳變異情況,對(duì)流行病學(xué)溯源、疫苗株選擇及風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估具有重要意義。
4. IHNV 宿主溯源檢測: 結(jié)合病毒檢測和宿主特異性標(biāo)記(如魚類線粒體DNA),分析病毒感染來源。
5. 流行病學(xué)調(diào)查與研究: 監(jiān)測養(yǎng)殖場、野生水域或交易市場中IHNV的流行情況、分布特點(diǎn)及遺傳多樣性。

檢測儀器

IHNV核酸檢測通常在分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室進(jìn)行,主要依賴以下核心儀器設(shè)備:

1. 實(shí)時(shí)熒光定量 PCR 儀: 進(jìn)行實(shí)時(shí)熒光定量逆轉(zhuǎn)錄聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(RT-qPCR)的核心設(shè)備,可同時(shí)實(shí)現(xiàn)核酸擴(kuò)增和實(shí)時(shí)熒光信號(hào)檢測,用于病毒的定量分析。這是目前最常用的檢測儀器。
2. 普通 PCR 儀: 用于進(jìn)行常規(guī)逆轉(zhuǎn)錄聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(RT-PCR)或巢式PCR(nested PCR)擴(kuò)增目標(biāo)核酸片段。
3. 核酸提取儀: 自動(dòng)化完成樣本(魚的組織、體液或環(huán)境樣本)中病毒RNA的提取和純化工作,提高效率和一致性。常用方法基于磁珠法或離心柱法。
4. 凝膠電泳系統(tǒng): 用于對(duì)普通PCR或RT-PCR擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行瓊脂糖凝膠電泳分析,通過條帶大小判斷擴(kuò)增是否成功及特異性(適用于定性檢測)。
5. 基因測序儀: 用于對(duì)擴(kuò)增出的目的基因片段進(jìn)行核苷酸序列測定,是病毒分型、遺傳變異分析和確認(rèn)檢測特異性的金標(biāo)準(zhǔn)。
6. 超低溫冰箱: 用于保存樣本、提取的核酸、酶和試劑等。
7. 超凈工作臺(tái)/生物安全柜: 提供無菌操作環(huán)境,防止樣本污染和環(huán)境釋放。
8. 離心機(jī)、移液器、渦旋振蕩器、水浴鍋/金屬?。?/strong> 常規(guī)分子實(shí)驗(yàn)必備設(shè)備。

檢測方法

IHNV核酸檢測的標(biāo)準(zhǔn)方法學(xué)流程通常包括以下步驟:

1. 樣本采集與處理: 采集病魚或疑似感染魚的腎、脾、肝、腦或心臟組織,或精液、卵液、腹水等體液。組織樣本需剪碎勻漿,離心取上清液作為待檢樣本。環(huán)境樣本(如池水、沉積物)也需經(jīng)過富集處理。
2. 病毒核酸(RNA)提?。?/strong> 使用商品化的RNA提取試劑盒(通?;诖胖榉ɑ螂x心柱法),嚴(yán)格按照操作規(guī)程從樣本上清液中提取病毒總RNA。提取過程中需設(shè)立陰性對(duì)照(如無核酸酶水)和陽性對(duì)照(已知的IHNV RNA或滅活病毒)以監(jiān)控提取效率和防止污染。
3. 逆轉(zhuǎn)錄(RT): 利用逆轉(zhuǎn)錄酶(Reverse Transcriptase)和特異性引物或隨機(jī)引物/寡聚dT引物,將提取的病毒RNA逆轉(zhuǎn)錄成互補(bǔ)DNA(cDNA)。
4. 核酸擴(kuò)增與檢測:

  • 實(shí)時(shí)熒光定量 RT-PCR (RT-qPCR): 這是目前IHNV核酸檢測的首選方法和“金標(biāo)準(zhǔn)”。在PCR反應(yīng)體系中加入針對(duì)IHNV保守區(qū)域(如N基因、G基因或非編碼區(qū))設(shè)計(jì)的特異性引物和帶有熒光標(biāo)記的特異性探針(如TaqMan探針)。在PCR擴(kuò)增過程中,探針與目標(biāo)序列結(jié)合并被Taq酶水解,釋放出熒光信號(hào)。儀器實(shí)時(shí)監(jiān)測熒光信號(hào)強(qiáng)度,通過循環(huán)閾值(Ct值)定量計(jì)算樣本中的病毒載量。該方法靈敏度極高(可達(dá)幾個(gè)病毒拷貝/反應(yīng))、特異性強(qiáng)、速度快(通常2-3小時(shí)出結(jié)果)、閉管操作減少污染風(fēng)險(xiǎn),且能實(shí)現(xiàn)定量分析。
  • 常規(guī) RT-PCR: 使用特異性引物對(duì)cDNA進(jìn)行PCR擴(kuò)增。擴(kuò)增產(chǎn)物通過瓊脂糖凝膠電泳分離,根據(jù)預(yù)期大小的特異條帶進(jìn)行判斷。此方法靈敏度低于RT-qPCR,且需開管操作進(jìn)行凝膠分析,存在污染風(fēng)險(xiǎn),主要用于定性篩查或在條件有限的情況下使用。
  • 巢式 RT-PCR: 進(jìn)行兩輪PCR擴(kuò)增,使用兩套(外引物和內(nèi)引物)引物。第一輪擴(kuò)增產(chǎn)物作為第二輪擴(kuò)增的模板。此方法可顯著提高檢測靈敏度,但操作步驟繁瑣,污染風(fēng)險(xiǎn)更高。
  • 數(shù)字 PCR (dPCR): 一種更精準(zhǔn)的絕對(duì)定量技術(shù),將PCR反應(yīng)體系分割成數(shù)萬個(gè)微反應(yīng)單元,通過終點(diǎn)熒光信號(hào)計(jì)數(shù)進(jìn)行絕對(duì)定量,不依賴標(biāo)準(zhǔn)曲線。適用于極低載量樣本的精確定量或標(biāo)準(zhǔn)曲線建立困難的情況,但儀器和試劑成本較高。
  • 等溫?cái)U(kuò)增技術(shù) (如 LAMP, RPA): 可在恒定溫度下快速擴(kuò)增核酸,無需熱循環(huán)儀,設(shè)備要求低,適合現(xiàn)場快速篩查。但其特異性設(shè)計(jì)相對(duì)復(fù)雜,靈敏度可能低于qPCR。
5. 結(jié)果判讀:
  • RT-qPCR: 根據(jù)儀器軟件分析產(chǎn)生的擴(kuò)增曲線和Ct值進(jìn)行判讀。設(shè)定合理的閾值線(Threshold)和Ct值判讀標(biāo)準(zhǔn)(Cut-off值)。樣本Ct值低于Cut-off值且擴(kuò)增曲線呈典型“S”型判為陽性;無擴(kuò)增曲線或Ct值高于Cut-off值判為陰性。需同時(shí)滿足陰性對(duì)照無擴(kuò)增、陽性對(duì)照正常擴(kuò)增(Ct值在預(yù)期范圍內(nèi))方為實(shí)驗(yàn)有效。
  • RT-PCR/巢式RT-PCR: 在凝膠電泳圖上,目標(biāo)條帶位置出現(xiàn)預(yù)期大小的特異性條帶判為陽性;無條帶或出現(xiàn)非特異性條帶判為陰性。
6. 測序確認(rèn)與分型: 對(duì)于陽性樣本,特別是關(guān)鍵樣本或需要分型的樣本,可將RT-PCR產(chǎn)物進(jìn)行純化后送測序。將獲得的序列與已知IHNV序列數(shù)據(jù)庫進(jìn)行比對(duì)分析,確認(rèn)病毒身份并進(jìn)行基因分型。

檢測標(biāo)準(zhǔn)

為確保IHNV核酸檢測結(jié)果的準(zhǔn)確性、可靠性和可比性,實(shí)驗(yàn)室檢測必須嚴(yán)格遵守國內(nèi)外相關(guān)標(biāo)準(zhǔn)和技術(shù)規(guī)范:

1. WOAH (OIE) 標(biāo)準(zhǔn): 世界動(dòng)物衛(wèi)生組織《水生動(dòng)物疾病診斷手冊(cè)》中關(guān)于“傳染性造血器官壞死病”的章節(jié)詳細(xì)規(guī)定了IHN的診斷方法,包括臨床診斷、組織病理學(xué)診斷、病毒分離和包括RT-PCR在內(nèi)的分子生物學(xué)檢測方法。該手冊(cè)是國際通行的權(quán)威標(biāo)準(zhǔn)

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